Saat ini, kehidupan di pondok menjadi sangat rentan terhadap penularan kasus Covid-19 mengingat jumlah santri yang sangat banyak di satu lokasi. Bila satu orang menderita Covid-19 maka penularannya akan sangat cepat. oleh sebab itu Kepala Dinas Kesehatan kabupaten Paser, dr. I Dewa Made Sudarsana bersilaturrahmi kepada pimpinan dan pengasuh pondok sekaligus memberikan edukasi tentang pentingnya protokol kesehatan dan vaksinasi covid-19 untuk mencegah penularan penyakit covid-19.

sedangkan  Pimpinan Pondok Pesantren Al Ihsan  KH. Badruddin, S.Ag sangat mendukung penerapan protokol kesehatan di kegiatan belajar menganjar di pondok, selain itu hampir semua santri dan santriwati sudah mendapat vaksinasi covid-19. beliau menghimbau kepada masyarakat kabupaten agar bisa menerapkan Protokol kesehatan 5M (1. Memakai masker, 2. Menjaga jarak, 3. Mencuci tangan dengan sabun dan air mengali, 4. Menjauhi kerumunan, 5. Mengurangi Mobilitas) serta ikut vaksinasi covid-19, sebagai ikhtiar kita untuk mencegah penyakit covid-19.